یکی از اختلافات اساسی در موضوع مهدویت، این است که حضرت مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف، از نسل امام مجتبی است یا از نسل امام حسین علیهما السلام.
اهل سنت، بر خلاف شیعیان مدعی هستند که آن حضرت از نسل امام مجتبی علیه السلام است نه از نسل سید الشهداء علیه السلام.
ابن تیمیه حرانی در کتاب منهاج السنة می نویسد:
فالمهدی الذی أخبر به النبی صلی الله علیه وسلم اسمه محمد بن عبد الله لا محمد بن الحسن وقد روی عن علی رضی الله عنه أنه قال هو من ولد الحسن بن علی لا من ولد الحسین بن علی.